Celodenná posledná rozlúčka bola rozdelená na niekoľko častí a medzi prítomnými nechýbala najbližšia rodina ani najvyšší ústavní činitelia. Z Bratislavského hradu a Prezidentského paláca sa popoludní presunuli na emotívnu zádušnú omšu do Dómu sv. Martina. V nej najviac vynikol burcujúci prejav súčasnej hlavy Slovenska Andreja Kisku (52), po ktorom sa ozval dlhý potlesk.
Rakva s telom Michala Kováča umiestnená pred oltárom a obalená v štátnej vlajke tvorila dominantu bratislavského kostola. V predných radoch okrem manželky Emílie Kováčovej a synov zosnulého nechýbali prezident Kiska, premiér Robert Fico ani predseda parlamentu Andrej Danko. Omšu celebroval arcibiskup Stanislav Zvolenský. „Za skutočne podstatné v tomto okamihu pokladám vďačnosť. Vďačnosť za lásku, ktorú prezident Kováč vynaložil v starostlivosti o svoju rodinu, za úsilie, ktoré venoval našej spoločnosti,“ povedal v kázni Zvolenský. Pripomenul, že aj vďaka nemu žijeme v štáte, ktorý je súčasťou európskeho spoločenstva.
Ešte emotívnejšie si na prezidenta Kováča spomínala súčasná hlava štátu Andrej Kiska. „Nezľakol sa zodpovednosti za smerovanie našej krajiny. Trúfam si povedať, že v krátkej histórii nášho štátu žiaden ústavný činiteľ nemusel robiť také ťažké a bolestivé rozhodnutia ako pán prezident Kováč,“ začal Kiska. Pripomenul, že u nikoho iného nebol verejný záujem štátu v takom príkrom rozpore so záujmom chrániť bezpečnosť svojej najbližšej rodiny. „Mýli sa každý, kto si myslí, že prezident sa dá zastrašiť alebo znechutiť a odradiť od svojej povinnosti, ku ktorej sa slávnostne zaviazal,“ povedal Kováč v slávnom prejave v roku 1994. Keď to vyslovil netušil, akej veľkej skúške bude už čoskoro čeliť, pretože vládna moc sa nezastavila pred ničím, nakoniec ani pred únosom jeho syna,“ hovoril Kiska.
Dodal, že vďaka činom a rozhodnutiam zosnulého prezidenta bolo porazené najväčšie politické zlo. „Ale ako spoločnosť sme sa s týmto zlom nedokázali vyrovnať. Únos prezidentovho syna, vražda dôležitého svedka a mnohé ďalšie zločiny, krivdy a neprávosti zostali nepotrestané. Pocity hnevu, bezmocnosti či odhodlania však postupne vyprchali,“ uviedol Kiska. Zostali podľa neho spomienky, ktoré nám opäť pripomenul odchod človeka, ktorý je s vtedajším zápasom o budúcnosť Slovenska navždy spätý.
„Nemôžeme — nikto z nás, ktorí sme zodpovední za správu vecí verejných — považovať zločiny mečiarizmu za minulosť, ktorej radšej treba dať pokoj. Nedá sa s čistým svedomím hovoriť o rešpekte k právu, spravodlivosti, k vlastnej republike, ak páchateľov štátom organizovaných zločinov chráni naďalej amnestia, ktorá znemožňuje, aby sa zodpovedali pred súdom,“ ukončil Kiska s tým, že minulosť zmeniť nedokážeme, ale je v našich silách napraviť jej krivdy.
