Kooperáciu vraj len sľúbil a vzápätí sa voči ŠtB vzoprel a nikdy nespolupracoval. Jeho vyjadrenia sa však oproti deväťdesiatym rokom rozchádzajú.
Informácia o Budajovej spolupráci s ŠtB sa prvýkrát objavila hneď po voľbách v roku 1990. Budaj podával rôzne vysvetlenia, ako k podpísaniu došlo, aktívnu spoluprácu však roky popieral. Rukou písaná správa sa teraz našla v Olomouci v archíve, keď RTVS pripravovala dokumentárny seriál ŠtB: Prísne tajné.
„Podpísaný Ján Budaj prehlasujem, že o veciach, ktoré sa mi stanú známe v súvislosti s protištátnou činnosťou Tomáša Petřivého a Gabriela Levického zachovám prísnu mlčanlivosť,“ píše sa v nej s Budajovým podpisom z 23. júna 1979.
Donášať mal teda na svojich dvoch blízkych kamarátov, ktorí boli proti režimu a ŠtB túto listinu zaevidovala ako viazací akt spolupráce. Krycie meno mal mať „Domovník“ a celé sa to odohrávalo v rokoch 1979 až 1981. „Skutočnosti, o ktorých sa dozviem v súvislosti s protispoločenskou činnosťou uvedených osôb, oznámim orgánom štátnej bezpečnosti, a to písomne alebo ústne,“ mal napísať Budaj. Celý jeho spis sa však v 90. rokoch stratil, keď ho zo spolupráce obvinil Vladimír Mečiar.
