Zomrel v pražskej nemocnici 7. novembra 1992 na mnohopočetné zranenia v dôsledku septembrovej nehody, ktorá sa stala cestou z Bratislavy do Prahy.
Dubček zomrel v čase, keď sa za veľkých vášní delila Československá republika a na Slovensku bol pri moci Vladimír Mečiar. Pritom práve Dubček bol tým, kto mu po Nežnej revolúcii vydláždil cestu k moci. Vo verejnosti proti násiliu ho údajne objavili na radu Dubčeka a urobili ho ministrom vnútra - spomína herec a expolitik Milan Kňažko. Vyšetrovanie Dubčekovej smrti uzavrela polícia ako tragickú nehodu. S touto verziou sa však nestotožňovali mnohí ľudia, špekulovalo sa aj o tom, že prekážal tajnej polícii či ruskej KGB.
Veľa otáznikov tragická nehoda vyvolávala u jeho syna Pavla Dubčeka, ktorý v jednom rozhovore pre Nový Čas Nedeľa povedal: „Stále mám pocit, že o okolnostiach smrti môjho otca existujú podivnosti. Prečo napríklad nepustili odborníkov z firmy BMW k vyšetrovaniu nehody a uspokojili sa s technickou expertízou ČVUT? Tých problematických vecí je viac, ale ja už sa k tomu nechcem vyjadrovať...“
Tento prípad pozná politický analytik Milan Žitný podrobne. „Bola to nehoda, kde negatívnu úlohu zohrali všetky možné okolnosti, ako boli hustý dážď aj vyjazdené hlboké koľaje v úseku nehody a píše sa to aj v znaleckom posudku. Navyše na aute boli zimné pneumatiky, pretože vodiči mali taký pokyn z dielne a boli silne podhustené, takže dôvodov, ktoré zapríčinili nehodu, bolo viac,“ tvrdí Žitný.
