Prijatie kódexu má zásadný význam pre zvýšenie odolnosti schengenského priestoru voči súčasným a budúcim krízam na vonkajších hraniciach. Zabezpečuje tiež, že ľudia žijúci a cestujúci naprieč EÚ môžu plne využívať výhody cestovania bez hraníc.
Kódex zavádza možnosť prijať celoeurópske opatrenia, ktoré obmedzia prístup štátnych príslušníkov tretích krajín do EÚ v prípade rozsiahlej zdravotnej krízy. Zavádza tiež postup, ktorý pomôže riešiť sekundárny pohyb migrantov (z jedného členského štátu do druhého) a ponúka riešenia pre inštrumentalizáciu migrácie, čiže jej zámerné riadenie zo strany tretích krajín.
V prípade rozsiahlej krízy v oblasti verejného zdravia nové pravidlá umožňujú zaviesť harmonizované dočasné cestovné obmedzenia na vonkajšej hranici EÚ. Počas pandémie ochorenia COVID-19 mohla EÚ vydať len nezáväzné odporúčania týkajúce sa cestovných obmedzení do členských štátov. Okrem cestovných obmedzení môže Rada EÚ zaviesť aj testovanie, karanténu a samostatnú izoláciu a ďalšie opatrenia súvisiace so zdravím pre občanov tretích krajín vstupujúcich do EÚ.
V záujme boja proti inštrumentalizácii migrácie zmenený a doplnený Kódex schengenských hraníc ponúkne členským štátom možnosť obmedziť počet hraničných priechodov, skrátiť ich otváracie hodiny a posilniť opatrenia hraničného dozoru.
