Hovorca japonskej polície zároveň uviedol, že na tokijskom letisku zriadili špeciálnu vyšetrovaciu jednotku, ktorá skúma pristávaciu dráhu a plánuje vypočuť zainteresované osoby. Odmietol však potvrdiť, či sa vyšetrovanie uberá k možnosti zlyhania ľudského faktora. Japonské úrady oficiálne uvádzajú, že príčina havárie zatiaľ nie je známa.
Zrážku lietadiel vyšetruje aj Japonský úrad pre bezpečnosť dopravy. Spolupracuje s úradmi vo Francúzsku, kde dopravné lietadlo typu Airbus A350-900 pre spoločnosť Japan Airlines (JAL) vyrobili, a vo Veľkej Británii, kde sídli výrobca motorov Rolls-Royce. Spoločnosť Airbus uviedla, že na pomoc pri vyšetrovaní vyslala svojich technických znalcov.
Podľa Kjódó sa úradom podarilo z lietadla pobrežnej stráže získať aj letové a hlasové záznamníky.
Z dopravného lietadla, ktoré začalo po zrážke v utorok večer horieť, sa podarilo bezpečne evakuovať všetkých 367 cestujúcich aj 12 členov posádky. Pri zrážke zahynuli piati členovia posádky menšieho lietadla japonskej pobrežnej stráže. Nehodu prežil iba pilot, ktorý utrpel ťažké zranenia.
