Poukázal, že s rozdelením sa mu spočiatku zmierovalo ťažko. "Pre mňa to bolo veľmi ťažké, mám manželku Slovenku, zaoberal som sa dlhé roky slovenskými dejinami a mal som veľa slovenských priateľov, tak mi bolo veľmi zaťažko zmieriť sa s rozdelením, ale pochopil som ako historik aj ako občan, že to bolo nevyhnutné," skonštatoval.
Prečan si štátne vyznamenanie za mimoriadne zásluhy o všestranný rozvoj vzťahov medzi Českou a Slovenskou republikou váži. V tejto súvislosti poukázal na svoj podiel a podiel ostatných historikov na vydaní tzv. Čiernej knihy, ktorá mapovala sovietskú inváziu v auguste 1968. "My sme to považovali ako svoju povinnosť," skonštatoval s tým, že potom za to museli "platiť účet".
Prečan vydaním zborníka dokumentov Sedm pražských dnů, 21. – 27. 8. 1968 (tzv. Čierna kniha) potvrdil svoj negatívny postoj k okupácii Československa, za čo ho v roku 1970 prepustili z Československej akadémie vied, vylúčili z Komunistickej strany Československa a bol trestne stíhaný.
Vykonával robotnícke povolania, v roku 1976 emigroval do Západného Nemecka, kde sa vrátil k profesii historika. V roku 1986 spoluzaložil a viedol Československé dokumentačné stredisko nezávislej literatúry v Scheinfelde, kde sa zhromažďovala samizdatová tlač.
Po Novembri '89 sa vrátil do vlasti a na podnet Václava Havla založil Ústav súčasných dejín na pôde ČSAV. Aktívne sa začal venovať aj pedagogickej práci. Je držiteľom Radu Tomáša Garrigua Masaryka 3. triedy, ale aj množstva ďalších vyznamenaní.
