Štefánikovu ďalšiu kariéru vedca a diplomata prerušilo vypuknutie prvej svetovej vojny. Ako naturalizovaný francúzsky občan bojoval v hodnosti podporučíka ako vojnový pilot na francúzskom fronte. Počas vojny úzko spolupracoval s Tomášom G. Masarykom a Edvardom Benešom na vytvorení spoločného štátu Čechov a Slovákov. Reprezentatívnym orgánom česko-slovenského zahraničného odboja sa stala Česko-slovenská národná rada (ČSNR), ktorú založili 13. februára 1916 v Paríži.
Jedným z najdôležitejších cieľov ČSNR bolo vytvorenie československého zahraničného vojska. Vďaka svojmu spoločenskému vplyvu mal Štefánik na formovaní československých légií najväčšiu zásluhu. Samostatný Česko-Slovenský štát vznikol 28. októbra 1918.
Minister vojny novovzniknutého štátu, generál Štefánik zahynul 4. mája 1919, keď sa po dlhých rokoch strávených v zahraničí vracal z Talianska späť do vlasti. Jeho dvojplošník Caproni Ca.33 havaroval spolu s dvoma talianskymi letcami a mechanikom pri pristávacom manévri neďaleko Ivanky pri Dunaji. Ani jeden z členov posádky pád lietadla neprežil.
M. R. Štefánik je spolu s talianskymi letcami pochovaný v mohyle na vrchu Bradlo, ktorá je národnou kultúrnou pamiatkou.
Zdroj: www.vhu.sk, www.kosariska.sk, https://mrstefanik.sk
