2006 - Hedviga Malinová
Študentka Hedviga Malinová 25. augusta 2006 nahlásila, že ju v nitrianskom parku napadli 2 muži. Údajne za to, že telefonovala po maďarsky. Na blúzku jej mali napísať „Maďari za Dunaj!“ a utrpela zranenia tváre. Polícia už 11. septembra zastavila vyšetrovanie. Kaliňák a Fico si k tomu zvolali tlačovku, kde tvrdili, že si Hedviga celý prípad vymyslela. Neskôr ju dokonca stíhali za krivú výpoveď. Počas vyšetrovania vyšlo najavo, že niektorí lekárski znalci, podpísaní pod posudkom jej zranení, sa na ňom vôbec nepodieľali.
2010 - Výbušnina v Írsku
Po cvičení psov policajných pyrotechnikov na letisku v Poprade do batožiny cestujúcich umiestnili vzorky trhaviny RXD. Jedna však odletela aj s naším občanom Štefanom Gondom do Írska. Ten skončil v rukách polície a napokon dostal od rezortu odškodné 18-tisíc eur. Kaliňák pre medzinárodný škandál čelil v parlamente neúspešnému odvolávaniu.
2011 - Kauza Bejby
Vojenské obranné spravodajstvo odpočúvalo novinárov z denníka Pravda aj bývalého riaditeľa TA3 Michala Gučíka. Medzi odpočúvanými telefonátmi mal byť aj rozhovor redaktorky Vandy Vavrovej s Kaliňákom, ktorý ju oslovoval Bejby. Žiadal od nej, aby napísala článok o rýchlej jazde služobného auta s exministrom obrany Ľubomírom Galkom, pričom povedal, že by „rád videl 4 titulky“.
2012 - Kauza Bašternák
V roku 2012 si podnikateľ Ladislav Bašternák kúpil sedem bytov v centre Bratislavy za neuveriteľných 12 mil. eur. Ich hodnota sa pritom reálne šplhala „len“ na 1,5 mil. eur. Následne si Bašternák uplatnil nárok na vyplatenie vratiek DPH, od štátu tak zinkasoval 2 mil. eur. Neskôr sa ukázalo, že Kaliňák s Bašternákom obchodoval. V roku 2013 totiž od Bašternáka kúpil akcie spoločnosti B.A. Haus za 430-tisíc eur.
2013 - Streľba na študentov
Kritiku si Kaliňák vyslúžil aj za streľbu na auto na diaľnici D2, v ktorom sedeli študenti. Hliadka chcela skontrolovať posádku počas pátrania po 2-násobnom vrahovi Milanovi Ďurišovi, ktorému auto v minulosti patrilo. Kaliňákov rezort si vtedy priznal pochybenia a zaplatil škodu na aute 1 800 eur. Kaliňák z vlastného vrecka odškodnil aj troch poškodených po 3 000 eur.
2018 - Vražda mladého páru
Dňa 26. februára našla polícia zastreleného investigatívneho novinára Jána Kuciaka († 27) aj jeho partnerku Martinu Kušnírovú († 27). Polícia uviedla, že motív vraždy pravdepodobne súvisí s jeho žurnalistickou prácou. Kuciak tesne pred smrťou napísal svoju poslednú reportáž, v ktorej odhaľuje prepojenia talianskej mafie na najvyššie miesta v slovenskej politike.
2018 - Špirkovo trestné oznámenie
Prokurátor Úradu špeciálnej prokuratúry Vasiľ Špirko, ktorý dozoroval aj obchodovanie Bašternáka s Kaliňákom, zverejnil závažné podozrenia voči ministrovi vnútra s tým, že naňho a na vysoko postavených policajných funkcionárov podáva trestné oznámenie pre sabotáž. Podľa Špirka mal Kaliňák a Počiatek prijať státisícové úplatky ako províziu zo zákazky na obstarávanie sieťových komponentov a technológií. Prokurátor na tomto prípade robil, no neskôr ho obvinili.
