EPPO spresnila, že na základe dôkladnej analýzy kombinácie navrhovaných zmien dospela k záveru, že tieto kroky predstavujú vážne riziko porušenia zásad právneho štátu v zmysle článku 4 ods. 2 písm. c) nariadenia o podmienenosti.
V konkrétnej rovine by to podľa EPPO minimalizovalo odhalenie možných podvodov poškodzujúcich finančné záujmy EÚ a narušilo funkčný mechanizmus podávania správ medzi Európskou prokuratúrou a špeciálnou prokuratúrou. Takisto by to odstavilo EPPO od špecializovaných vyšetrovateľov Národnej kriminálnej agentúry (NAKA) bez primeranej náhrady a viedlo by to k presmerovaniu väčšiny prípadov EPPO zo Špecializovaného trestného súdu na nižšie súdy s malými odbornými znalosťami v oblasti trestných činov v kompetencii EPPO.
Podľa EPPO plánované kroky vlády SR predstavujú "faktickú amnestiu" v značnom počte aktívnych vyšetrovaní podvodov poškodzujúcich finančné záujmy EÚ na území Slovenska. V dôsledku toho by bola vážne ovplyvnená schopnosť Európskej prokuratúry efektívne vyšetrovať a stíhať trestné činy spadajúce do jej pôsobnosti a úroveň ochrany finančných záujmov EÚ v Slovenskej republike by sa prudko znížila.
V tejto súvislosti hlavná európska prokurátorka rovnako poznamenala, že rýchlosť, s akou slovenská vláda mieni pristúpiť k týmto zmenám, vyvoláva vážne pochybnosti o dodržiavaní povinnosti lojálnej spolupráce. A vzhľadom na to, že navrhované zmeny by znížili odstrašujúce účinky trestného práva, pokiaľ ide o trestné činy spadajúce do pôsobnosti EPPO, je podľa prokurátorky spochybnený aj zámer slovenskej vlády splniť si svoju povinnosť účinne chrániť rozpočet Únie (článok 325 ZFEÚ).
