Na pražskom mestskom súde, ktorý prejednáva jeho obžalobu v prípade Čapí hnízdo, v piatok v záverečnej reči zopakoval, že podľa neho ide o nezmyselnú a vymyslenú kauzu. Prípad označil za "politický proces". "Nikdy by som tu nestál, ak by som nevstúpil do politiky. Dodnes neviem, prečo tu pred súdom s pani Nagyovou stojíme," povedal Babiš.
V záverečnom vyhlásení kritizoval rozhodnutie vtedajšieho najvyššieho prokurátora Pavla Zemana, ktorý v roku 2019 jeho stíhanie obnovil po tom, čo bolo zastavené. Štátny zástupca Jaroslav Šaroch tvrdí, že Babiš zaistil na prelome rokov 2007 a 2008 vyvedenie spoločnosti Farma Čapí hnízdo z Agrofertu a predaj akcií svojim deťom a partnerke. Podľa Šarocha to urobil preto, aby farma zdanlivo spĺňala podmienky na získanie dotácie pre malé a stredné podniky.
Druhá obžalovaná, Babišova niekdajšia poradkyňa Jana Nagyová, podľa prokurátora úspešnú žiadosť o dotáciu podala. Vyplatením dotácie vznikla podľa žalobcu škoda 49,9 milióna korún. Nagyová sa podľa Šarocha dopustila dotačného podvodu a poškodenia finančných záujmov EÚ, Babiš potom pomôcť k dotačnému podvodu.
Babiš povedal, že finančné záujmy EÚ podľa neho nemohli byť poškodené, pretože ministerstvo financií vyňalo Čapí hnízdo z európskych dotácií. Spomenul aj správu Európskeho úradu pre boj proti podvodom (OLAF), ktorý udelenie dotácie preveroval. V decembri 2017 vyšetrovanie ukončil s tým, že existuje podozrenie na dotačný podvod. Poslanec chcel hovoriť aj o médiách a o novinárke Sabine Slonkovej, predseda trestného senátu Ján Šott ho ale napomenul, že by mal hovoriť k veci.
