Kvôli deťom začala Monika používať v roku 2013 priezvisko Babišová. K svadbe však došlo až v lete v roku 2017. Pár mal honosnú svadbu v sídle Čapí hnízdo. Dorazili tam mnohí prominentní hostia. Monika sa však netajila tým, že jej prekáža politická kariéra Babiša. „Andreja poznám už dlho a viem, že ak sa rozhodne niečo urobiť, nemá zmysel s ním bojovať. Zároveň nechcem byť ten, kto by prípadne brzdil jeho ambície a kariéru,“ povedala Monika v čase, keď jej manžel kandidoval za prezidenta.
Manželia sa pretsali objavovať spoločne na jeseň v roku 2023. Špekulácie zosilneli na Veľkú noc, keď každý vyrazil na dovolenku do inej časti sveta. Nakoniec Babiš v piatok priznal, že už netvoria pár. „Po tridsiatich spoločných rokoch plných vzostupov, pádov a nezabudnuteľných zážitkov sme sa s Monikou rozhodli, že naše cesty sa teraz rozchádzajú. Ako rodičia dvoch úžasných dospelých detí si najviac želáme zachovať rodinnú harmóniu. Ďakujeme za pochopenie a prosíme o súkromie. Naše rodinné väzby zostávajú silné, a hoci sa naše osobné cesty menia, naša vzájomná láska a úcta k sebe a k našim deťom zostáva rovnaká,“ napísal politik na sociálnej sieti.