Prvé oficiálne úvahy o vybudovaní zoo v Bratislave sa objavili v roku 1948. "V tom čase sa však o žiadnej tradícii zoologických záhrad na Slovensku nedalo hovoriť, preto bolo veľmi náročné vypracovať koncepciu budúcej záhrady. Spočiatku sa v roku 1949 uvažovalo s výstavbou zoo v okolí Železnej studničky. Expertízy však túto lokalitu potvrdili ako nevhodnú. Prijala sa nová alternatíva - vybudovať zoo v Mlynskej doline," uvádza bratislavská zoo na svojom webe.
S výstavbou zoologickej záhrady v hlavnom meste sa začalo v roku 1959 a slávnostne ju otvorili 9. mája 1960. S prvým desaťročím existencie bratislavskej zoo sú spojené aj prvé chovateľské úspechy. Ako jedna z prvých zoologických záhrad v Európe tu odchovala mláďatá rysa ostrovida."Zvláštnu pozornosť si zasluhujú umelé odchovy antilop, paviánov, danielov a sŕn. Bratislavská zoo dosiahla najvýznamnejšie chovateľské úspechy prvým umelým odchovom leopardov škvrnitých a hyen pásavých v bývalom Československu. Výnimočným medzinárodným úspechom bol úspešný projekt na záchranu sahelo-saharských antilop - priamorožca šabľorohého," priblížila zoo vo svojej histórii.
Zásahom do jej fungovania bola v rokoch 1981 až 1985 úplná likvidácia dvoch tretín vybudovanej expozičnej časti pôvodného areálu. Dôvodom bola výstavba kanalizačného zberača a diaľničnej prípojky. "Zanikla práve tá časť, ktorá bola pre návštevníkov najzaujímavejšia. Záberom veľkej plochy sa narušil pravidelný chod života v zoo. Sprievodným javom bolo premiestňovanie zvierat do nových priestorov," spresnila zoo.
V 90. rokoch minulého storočia sa zároveň rozhodlo o výstavbe diaľnice D2 Bratislava Lamačská cesta - Staré Grunty, ktorá sa začala v marci 2003. Výstavba diaľnice podľa vedenia záhrady značne ovplyvnila každodenný život v zoo, ale nezastavila jej rozvoj. "V rokoch 2002 - 2003 sa vybudovalo nové chovné zariadenie pre ťavy dvojhrbé, kulany turkménske a poníky shetlandské v lesnej časti areálu a začala sa výstavba chovného zariadenia pre kozy skrutkorohé a paovce hrivnaté," spomína zoo. Pri výstavbe diaľničného tunela Sitina bol zrušený vchod do zoologickej záhrady a od decembra 2003 bol areál pre verejnosť uzatvorený až do dostavby nového vchodu, parkoviska a protihlukovej bariéry.
V roku 2004 pribudla v záhrade jedinečná expozícia druhohorných plazov v strednej Európe - DinoPark. V roku 2006 sprístupnili verejnosti nový pavilón šeliem. O rok neskôr začali výstavbu pavilónu primátov, ktorý bol pre verejnosť sprístupnený na jar v roku 2010. V júli 2014 otvorili v zoo expozíciu pre domáce zvieratá s názvom Sedliacky dvor. V roku 2017 otvorili v lesnej časti zoo nový výbeh pre vlkov eurázijských. Plánuje sa aj výstavba nového výbehu a chovného zariadenia pre medveďa hnedého.
