Okrem vysokých teplôt najnovšie ohrozuje športovcov aj nadmerné množstvo baktérií, ktoré sa nachádzajú vo vodnej ploche určenej pre súťaže v triatlone.
Vzhľadom na túto hrozbu musela Medzinárodná triatlonová únia (ITU) zrušiť plaveckú časť sobotňajších pretekov zdravotne znevýhodnených športovcov. V stanovisku ITU sa uvádza, že hodnoty baktérie E.coli dvojnásobne prekročili povolenú hranicu. Kvalita vody preto dosiahla úroveň číslo 4, ktorá predstavuje najväčšie riziko pre športovcov. Problémy s vodou museli riešiť pred troma rokmi aj organizátori OH v Riu de Janeiro, kde sa borili s vysokými hodnotami baktérií a vírusov na športoviskách určených pre jachting, veslovanie a diaľkové plávanie.
Testovacie preteky triatlonistov sprevádzali problémy už počas štvrtkového programu. Vtedy ITU skrátila bežecký úsek v mužských pretekoch z 10 na 5 kilometrov, keďže v Tokiu panovali horúčavy v spojení s vysokou vlhkosťou. Práve tieto dva faktory spôsobujú vrásky na čele organizátorom budúcoročného športového sviatku.
