Podozrenia voči nemu vzniesol vyšetrovací tím zaoberajúci sa objasňovaním okolností tragédie z roku 2014 s 298 obeťami na životoch.S odvolaním sa na ruskú službu britskej stanice BBC o tom vo štvrtok informoval denník Novaja gazeta.
Dubinskij vyhlásil, že každý človek, ktorý sa čo len trochu rozumie armáde, vie, že "náčelník kontrarozviedky zodpovedajúci za prevoz (zbrane) a jej nasadenie do boja - to už nie je ani sci-fi, to je čistá psychiatria".
Obvinenia, ktoré voči nemu vzniesol Spoločný vyšetrovací tím (JIT), označil za hlúposť, a uviedol, že "nemá zmysel" spolupracovať s vyšetrovaním.Vyhlásil, že v deň pádu lietadla - 17. júla 2014 - bol v Donecku, a nie v blízkosti miesta tragédie, ako to tvrdí JIT.
Dubinskij odmieta tiež údajnú spoluvinu svojich podriadených - plukovníka Olega Pulatova a Leonida Charčenka - na tragickej udalosti. JIT vo svojej správe o výsledkoch vyšetrovania napísal, že Dubinskij velil prevozu raketového systému BUK z Donecka do obce Snižne, odkiaľ údajne mohli vystreliť raketu, ktorá zasiahla boeing.
Okrem Dubinského, Pulatova a Charčenka podozrieva JIT zo spoluúčasti na zavinení pádu lietadla linky MH17 spoločnosti Malaysia Airlines aj plukovníka ruskej FSB Igora Girkina/Strelkova, známeho pod prezývkou Strelok, bývalého ministra obrany samozvanej Doneckej ľudovej republiky (DĽR). Po všetkých štyroch bolo vyhlásení medzinárodné pátranie. Súd s nimi sa začne v marci budúceho roku v Holandsku.
V DĽR v reakcii na obvinenia JIT oznámili, že tamojšie vojenské zložky nemajú s tragédiou nič spoločné. Boeing 777 sa zrútil počas letu nad Donbasom dňa 17. júla 2014 vo vzdialenosti približne 35 kilometrov od hraníc s Ruskom. Zahynulo pri tom 298 ľudí na palube lietadla. Medzi nimi bolo aj 80 detí.
