Duterte spochybnil niektoré základné princípy katolíckej viery vrátane koncepcie dedičného hriechu, ktorý podľa jeho slov poškvrňuje aj nevinné deti. "Kde je v tom logika Boha?" pýtal sa. Zároveň vyhlásil, že okamžite zloží funkciu, ak niekto dokáže, napríklad doložením obrázka, že videl Boha a rozprával sa s ním.
Duterte, neslávne známy urážkami na adresu pápeža Františka a bývalého prezidenta USA Baracka Obamu, vyvolal hnev na Filipínach - v ázijskej bašte katolicizmu - aj 22. júna, keď označil Boha za "hlúpeho".
Duterte spochybnil biblický príbeh o stvorení človeka a položil otázku, prečo Boh stvoril Adama a Evu, ale pritom im dovolil podľahnúť pokušeniu, ktoré zničilo ich čistotu. Duterte sa spýtal: "Kto je tento hlúpy Boh? Tento sku... je teda naozaj hlúpy."
