Kontakt s vojenským plavidlom, na ktorého palube sa nachádzala 44-členná posádka, sa prerušil 15. novembra po tom, ako ponorka nahlásila veleniu problémy s elektrickým systémom. ARA San Juan sa v danom čase pohybovala pri pobreží Patagónie. Následne sa začala medzinárodná pátracia operácia, ktorá sa však skončila neúspešne.
Koncom novembra boli šance na záchranu námorníkov nulové, pričom sa predpokladá, že na ponorke došlo k výbuchu. Plavidlo dosiaľ nebolo lokalizované, hoci v oblasti, kde bol niekoľko hodín po zmiznutí ponorky zaznamenaný hlasný zvukový signál, stále pátra niekoľko lodí, uviedol spravodajský portál britskej stanice BBC.
Rodiny nezvestných námorníkov vyzývajú argentínsku vládu, aby pátraciu operáciu neodvolávala. Prezident Mauricio Macri po vlne kritiky vytvoril nezávislú komisiu, ktorej cieľom bude vyšetrenie okolností tejto tragédie. Minister obrany Oscar Aguad prisľúbil, že vyšetrovanie bude transparentné a bude naň vyčlenený neobmedzený rozpočet.
Po ponorke pátralo takmer 4000 ľudí z vyše desiatich krajín v plavidlách aj lietadlách. Argentína pátranie riadila, pričom USA koordinovali medzinárodnú pomoc. Podľa doterajších zistení prenikla do útrob plavidla voda, ktorá zapríčinila skrat jednej z batérií. Námorné sondy následne zaznamenali výbuch 430 kilometrov východne od pobrežia.
