Ako zástanca demokracie či kritik bezuzdnej vládnej moci tak musel znášať mnohé úskoky. Ktorí muži mu robili zo života peklo?
1. Vladimír Mečiar
Z kamarátov nepriatelia
Z pôvodných spolupracovníkov sa počas rokov stali úhlavní nepriatelia. V Mečiarovom HZDS bol Kováč dokonca podpredsedom a neskôr predsedom Federálneho zhromaždenia ČSFR. Mečiar si ho k sebe povolal aj pri rokovaní o rozdelení republík a rozhodol o tom, že bude kandidátom na prvého prezidenta Slovenskej republiky. Funkciu mu zabezpečili aj hlasy opozície. Kováč sa však nestal hlavou štátu, akú si Mečiar predstavoval, a začal mu robiť problémy.
Najskôr neodvolal ministra zahraničných vecí Milana Kňažka a nevymenoval za riaditeľa SIS Mečiarovho človeka Ivana Lexu. Neskôr v roku 1994 pridal prejavy, v ktorých kritizoval vládu. Mečiar sa začal mstiť. Verejnosť ho dlhodobo podozrieva, že si v SIS pod vedením Ivana Lexu objednal únos Kováčovho syna do zahraničia. Po tom, ako Kováč skončil v úrade, sám Mečiar prevzal jeho kompetencie, udelil amnestie, ktoré zaručujú beztrestnosť páchateľov v prípade únosu jeho syna. Vladimír Mečiar dodnes nad svojimi skutkami nevyjadril ľútosť a pri príležitosti Kováčovho úmrtia ani neposlal kondolenciu.
2. Ivan Lexa
Vybavovanie účtov
Bol jedným z najbližších ľudí Vladimíra Mečiara a do konfliktu s Michalom Kováčom sa dostal už v roku 1993. Ten ho odmietol vymenovať za ministra privatizácie, čo zdôvodnil tým, že Lexa nespĺňa predpoklady na vykonávanie tejto funkcie a nemá jeho osobnú dôveru. Napokon museli meniť zákon. Od apríla 1995 do konca októbra 1998 stál Lexa na čele Slovenskej informačnej služby, ktorá mala byť podľa vyšetrovania zapletená do mnohých nezákonných aktivít. Najznámejšou kauzou je zavlečenie prezidentovho syna Michala Kováča do cudziny.
Mali ho opiť do bezvedomia, zbiť a uniesť do Rakúska. Malo ísť o súčasť širšej kampane proti vtedajšiemu prezidentovi. Ďalšou kauzou, v ktorej sa dá nájsť priama spojitosť medzi Lexom a Kováčom, je takzvaná sabotáž bývalých funkcionárov SIS proti prezidentovi Michalovi Kováčovi. Súčasťou opatrení malo byť aj obmedzenie funkčného obdobia vtedajšieho prezidenta Kováča. Niektoré úkony uvedené v spomínanom spise sa údajne neskôr aj realizovali. Lexa nedal Kováčovi pokoj ani po tom, ako skončil vo funkcii prezidenta. Na súde od neho žiadal ospravedlnenie za jeho výroky, že Lexa údajne vedel o zavlečení Michala Kováča mladšieho do Rakúska.
3. Fedor Flašík
Ospravedlnil sa až po smrti
Po Kováčovej smrti sa z ničoho nič ozval aj jeho dlhoročný kritik Fedor Flašík a tvorca kampaní pre Mečiarovo HZDS. Preslávil sa najmä vystavením hodín pred Prezidentský palác, ktoré prezidentovi odrátavali čas do jeho konca v úrade. Teraz to ľutuje. „Sú veci, ktoré urobíte v určitom čase, mieste, v určitých súvislostiach. V tom momente sa vám možno zdajú správne, možno vtipné či recesistické alebo proste ako zákazka,“ sype si popol na hlavu Flašík.
Tvrdí, že občas si musí sám pred sebou ospravedlniť, prečo konal tak, ako konal. Narážal pritom práve na slávne hodiny. „Mrzí ma to, že som si to nikdy nevypovedal s pánom prezidentom Kováčom, že aké pocity mal on a ja, ale možnože to tak malo byť a ostať nedopovedané. Pán prezident, prepáčte...“ ospravedlnil sa Flašík.
4. Jaroslav Svěchota
Sivá eminencia
Riaditeľ kontrarozviedky Slovenskej informačnej služby a námestník riaditeľa SIS Ivana Lexu. Vo všeobecnosti ho považovali za sivú eminenciu počas Lexovho šéfovania, v seriáli Mafiáni od Gustáva Murína sa o ňom hovorilo ako o tom, čo ťahal nitky. S Michalom Kováčom ho spája najmä únos jeho syna do zahraničia. V tejto kauze aj niekoľkokrát dobrovoľne vypovedal, hoci neskôr svoje výpovede zmenil.
5. Gustáv Krajči
Zmarené referendum
Na ministerstvo vnútra nastúpil v auguste roku 1996. Ostro vystupoval proti vtedajšiemu prezidentovi Michalovi Kováčovi, okrem iného tvrdil, že zavlečenie jeho syna do zahraničia bol „samoúnos“. Prezidenta dokonca obvinil z trestnej činnosti. Jedným z jeho pamätných počinov bolo zmarenie referenda o vstupe do NATO, ku ktorému prezident Kováč pridal ešte štvrtú otázku o možnosti priamej voľby prezidenta. Krajčí ako podpredseda Ústrednej komisie pre referendum odmietol plniť jej uznesenia, čím vzniklo dôvodné podozrenie, že spáchal trestný čin marenia prípravy a priebehu referenda.
