Od roku 1993 žil Juraj Jakubisko spolu s manželkou, herečkou a producentkou Deanou Horváthovou a rodinou v českej metropole Prahe. Z roku 1997 je jeho film Nejasná správa o konci světa a z roku 2004 film Post coitum v hlavnej úlohe s talianskym hercom Francom Nerom.
Veľmi úspešným projektom Jakubiska bol film Bathory, historický veľkofilm o čachtickej pani, ktorá sa podľa legendy kúpala v krvi panien a ktorú prezentujú ako najväčšiu vrahyňu všetkých čias. Film vo svetovej premiére uviedli na Medzinárodnom filmovom festivale (MFF) v českých Karlových Varoch v roku 2008. Slovenská speváčka Katarína Knechtová k nemu naspievala hit Môj Bože, ktorý sa stal najhranejšou skladbou na Slovensku v roku 2008.
V roku 2012 sa Jakubisko stal zrejme najstarším pacientom, ktorému v Česku lekári dali nové srdce. V roku 2013 sa rámci projektu Košice 2013 - EHMK Juraj Jakubisko predstavil na festivale Jakubiskove dni, a to nielen cez svoje filmy, ale aj výtvarnou tvorbou. Jakubisko vtedy v Košiciach vystavoval cyklus serigrafií, autorské filmové plagáty a olejomaľby. Pri tejto príležitosti mu vtedajší primátor Košíc Richard Raši odovzdal Plaketu mesta Košice.
V nakladateľstve XYZ vyšla 20. júna 2013 pri príležitosti 75. narodenín Juraja Jakubiska jeho autobiografia Živé striebro, v ktorej zachytil prvých tridsaťtri rokov svojho života. Za svoju tvorbu získal Jakubisko množstvo domácich i zahraničných ocenení. Získal napríklad cenu československej kritiky za najlepší československý film roku 1967.
V júni 2002 si prevzal cenu Zlatá kamera, ktorú tradične udeľujú osobnostiam domácej i zahraničnej kinematografie za podiel na rozvoji filmového umenia na festivale Art Film v Trenčianskych Tepliciach. Od januára 2003 bol tiež nositeľom najvyššieho štátneho vyznamenania Pribinov kríž II. triedy za zásluhy v oblasti slovenskej kinematografie. Národnú filmovú cenu Slnko v sieti za výnimočný prínos slovenskej kinematografii si Jakubisko prevzal 16. apríla 2016.
