K útoku na známeho žurnalistu kritického voči Kremľu došlo 7. apríla počas nočnej cesty vlakom na trati Moskva-Samara. Jeden z páchateľov vylial na Muratova červenú olejovú farbu obsahujúcu acetón, ktorá mu zostala na tvári, oblečení a osobných veciach, ako aj na zariadení lôžkového kupé.
Novinára následne veľmi štípali oči, čo vyvolalo obavy z ich možného poškodenia. Muratov však na druhý deň z nemocničného lôžka napísal, že jeho oči sú v poriadku.
Americké tajné služby - podľa zistení novín New York Times a Washigton Post - dospeli k záveru, že útok na Muratova zorganizovali operatívci ruských spravodajských služieb.
Agentúra Reuters celú udalosť opisuje ako chemický útok, v spojitosti s ktorým už ruské úrady zadržali minimálne jednu podozrivú osobu. Podľa správ ruských médií Muratova napadli dvaja bývalí vojaci, ktorí sa mu chceli pomstiť za kritiku ruskej vojenskej agresie voči Ukrajine.
Denník Novaja gazeta ešte pred útokom na svojho šéfredaktora oznámil, že po opakovaných výstrahách zo strany ruských úradov pozastavuje svoju činnosť až do ukončenia bojov na Ukrajine. Investigatívne noviny sa taktiež rozhodli odstrániť zo svojej webovej stránky všetok materiál spojený s tzv. "špeciálnou vojenskou operáciou" na Ukrajine. Išlo o reakciu na hrozbu trestného stíhania novinárov tohto periodika a občanov, ktorých vyjadrenia by neboli v súlade s oficiálnym postojom ruskej vlády.
K útoku na Muratova sa na sociálnej sieti Telegram prihlásila vojensko-nacionalistická skupina s tým, že išlo o pomstu v mene ruských vojakov padlých na Ukrajine. Príspevok bol neskôr vymazaný.
Muratov získal vlani Nobelovu cenu mieru spolu s filipínskou novinárkou Mariou Ressovou. Túto cenu vtedy venoval šiestim novinárom denníka Novaja gazeta, ktorí boli zavraždení pre svoju prácu.
