V druhej polovici marca 2018 usporiadal Úrad špeciálnej prokuratúry tlačovú besedu, na ktorej dozorový prokurátor skonštatoval, že vzhľadom na zistené skutočnosti bola vražda vykonaná na objednávku. Z vyšetrovacích úkonov podľa neho vyplývalo, že Ján Kuciak a Martina Kušnírová boli zavraždení 21. februára 2018 z krátkej guľovej zbrane kalibru 9 milimetrov.
V apríli 2018 nový predseda vlády Peter Pellegrini, ktorý bol v tom čase aj zastupujúcim ministrom vnútra, oznámil, že vo funkcii k prvému máju končí Prezident Policajného zboru Tibor Gašpar. Ten bol kritizovaný napríklad za to, že dva dni po medializácii smrti Kuciaka hovoril na tlačovej konferencii o osobách podozrivých z drogovej trestnej činnosti, ktoré sa pohybovali v obci Veľká Mača v okrese Galanta, kde sa skutok stal. Taktiež menil svoje stanoviská k prítomnosti vtedajšieho šéfa protikorupčnej jednotky Róberta Krajmera na mieste činu. Odstúpenie Gašpara preto požadovala opozícia a takisto iniciatíva Za slušné Slovensko.
Výrazný posun vo vyšetrovaní nastal 27. septembra 2018, keď polícia zadržala pôvodne osem osôb. Z tejto skupiny následne zo skutku obvinili tri, konkrétne Tomáša Szabóa a Miroslava Marčeka ako vykonávateľov a Zoltána Andruskóa ako sprostredkovateľa. Deň na to zadržali aj Alenu Zs., ktorá bola následne obvinená ako objednávateľka dvojnásobnej vraždy. Na tlačovej besede prvého októbra 2018 orgány činné v trestnom konaní informovali, že na zavraždenú dvojicu strieľal Tomáš Szabó, ktorý v minulosti pracoval ako policajt. Bývalý vojak Marček bol podľa pôvodnej verzie pri vražde v úlohe vodiča.
Po zadržaní Aleny Zs. začali médiá prinášať informácie o jej blízkom vzťahu s podnikateľom Marianom K. Ten už bol v tom čase vo väzbe pre kauzu miliónových zmeniek, ktorých vyplatenie požadoval od Pavla Ruska a TV Markíza. Marian K. bol tiež známy z článkov zavraždeného Kuciaka, pričom sa novinárovi pred smrťou vyhrážal, že bude o ňom zbierať informácie. Médiá v októbri 2018 informovali, že práve Marian K. je podľa jedného z obvinených Zoltána Andruskóa objednávateľom vraždy. Oficiálne bol však podnikateľ obvinený až v marci 2019.
