Časom 2:08:38 hodiny obhájil zlatú medailu z Ria de Janeiro, keď o 1:20 minúty predstihol Holanďana Abdiho Nageeyeho, bronz získal Belgičan Bashir Abdi (+1:22).
Kipchoge je len tretím bežcom histórie, ktorý dokázal dvakrát za sebou vyhrať olympijský maratón. Napodobnil tak počiny šampiónov z rokov 1960 a 1964 Abebe Bikilu z Etiópie, resp. Waldemara Cierpinského z NDR, ktorý triumfoval v rokoch 1976 a 1980.
Tridsaťšesťročný svetový rekordér v náročných podmienkach ukázal, že v záverečných kilometroch mu zostalo najviac síl. Po 30 kilometri sa odtrhol od súperov a nezadržateľne si dobehol pre druhé olympijské zlato. Súperov nechal bojovať len o striebro, ktoré získal Holanďan Abdi Nageeye. Ten v záverečnom finiši prekonal o dve sekundy Belgičana Bashira Abdiho. Ďalší Keňan Lawrence Cherono skončil s odstupom ďalších dvoch sekúnd bez cenného kovu na štvrtom mieste.
Muži - maratón:
1. Eliud Kipchoge (Keňa) 2:08:38 hod., 2. Abdi Nageeye (Hol.) 2:09:58, 3. Bashir Abdi (Belg.) 2:10:00, 4. Lawrence Cherono (Keňa) 2:10:02, 5. Ayad Lamdassem (Šp.) 2:10:16, 6. Suguru Osako (Jap.) 2:10:41, 7. Alphonce Felix Simbu (Tanz.) 2:11:35, 8. Galen Rupp (USA) 2:11:41, 9. Othmane El Goumri (Mar.) 2:12:22, 10. Koen Naert (Belg.) 2:12:13
