Ako dôkaz predložil na verejnom vypočutí pred Ústavnoprávnym výborom Národnej rady SR článok z časopisu .týždeň z roku 2006, v ktorom uviedol on a prokurátor Jaroslav Palkovič, že dozrel čas na otvorenie diskusie o potrebe zásadnej systémovej zmeny postavenia a úloh prokuratúry. Pre tento výrok si ho mal predvolať vtedajší generálny prokurátor Dobroslav Trnka, ktorý neskôr stretnutie zrušil. Následne mal Dobroslav Trnka uložiť povinnosť špeciálnemu prokurátorovi a jeho zástupcovi vykonať takzvaný personálny pohovor s oboma prokurátormi.
„Ja som sa doslova tak dusil, že sa to už nedalo vydržať, aj prokurátor je len človek. Ja som privítal možnosť v roku 2010, keď ma oslovil Daniel Lipšic, či by som neprevzal zodpovednosť štátneho tajomníka na ministerstve vnútra,“ povedal Žilinka s tým, že ten krok neľutuje. Tlak sa mal na Žilinku opätovne zvýšiť aj neskôr, keď sa stal špeciálnym prokurátorom Dušan Kováčik.
Poslanec Ondrej Dostál (klub SaS) sa Žilinku pýtal na jeho vzťah s bývalým hercom a neskôr šéfom televízie TA3 Michalom Gučíkom. Žilinka priznal, že sa s ním stretáva pri rôznych príležitostiach ako meniny, narodeniny a podobne. „O mne všetci vedia, že mám okolo seba červený kruh, do ktorého ja nikoho nepustím. Dokonca ani manželku, ani s ňou sa nebavím o veciach na prokuratúre. Nenájdete na prokuratúre človeka, ktorý by povedal, že Maroš Žilinka za ním došiel a že som žiadal, aby vec vybavil tak alebo inak,“ vysvetlil Žilinka.
„Uvedomujete si, že vzhľadom na blízkosť pána Gučíka k pánovi Kmotríkovi je úplne prirodzené, či to prepojenie smerom k oligarchom nebude aj vo vašom prípade,“ pokračoval Dostál. Žilinka uviedol, že sa s Gučíkom vždy stretával sám a Ivana Kmotríka nepozná. Pripomenul, že spolu s protikandidátom Tomášom Honzom riešili aj prípad extrémizmu Kmotríkovho syna.
Člen ústavnoprávneho výboru a poslanec Matúš Šutaj-Eštok (Hlas-SD) sa opýtal, čo pre Žilinku ľudsky znamenala údajná objednávka vraždy jeho a jeho rodiny. „Mám pred očami svoje deti, pre moju tvrdohlavosť a robotu mohli prísť o život. Nedobre sa mi o tom rozpráva,“ odpovedal a dodal, že jeho profesionálny život to neovplyvnilo. Aj svojim deťom povedal, že stojí za to bojovať, a stálo to aj za rozbitie kliky okolo Mariana Kočnera.
Ústavnoprávny výbor NR SR vypočúva od štvrtka 19. novembra sedem uchádzačov o post generálneho prokurátora. Sú nimi Jozef Čentéš, Tomáš Honz, Ján Hrivnák, Juraj Kliment, Rastislav Remeta, Ján Šanta a Maroš Žilinka.
