Núdzový stav by krajina opätovne vyhlásila v prípade dosiahnutia tretej fázy po ďalšom zhoršení epidemiologickej situácie a náraste počtu infikovaných. Ministerstvo zdravotníctva SR momentálne v prvej fáze pripravuje reprofilizáciu lôžkového fondu v určených desiatich nemocniciach po celom Slovensku. Podľa rezortu pôjde o 3 503 infekčných lôžok, priemerne 233 lôžok na nemocnicu a takmer 500 na príslušný kraj. Tieto lôžka budú v prvej fáze k dispozícii len pacientom s ochorením COVID-19, ostatné nemocnice budú fungovať v štandardnom režime.
V prípade nástupu druhej fázy, ak by pokračovalo zhoršenie epidemiologickej situácie a zvyšoval sa počet infikovaných osôb, kapacita lôžok na infekčných kliník a oddelení by bola naplnená na viac ako polovicu a vznikali by ohniská nákazy, minister zdravotníctva by vydal príkaz na reprofilizáciu lôžkového fondu subjektom hospodárskej mobilizácie, teda štrnástim nemocniciam s infekčnými klinikami a oddeleniami.
Ak by epidemiologická situácia následkom ďalšieho zhoršovania dospela až do tretej fázy, krajina podľa pandemického plánu znovu vyhlási núdzový stav. Naplnenosť infekčných lôžok by presiahla 75 percent, vznikajúce ohniská nákazy by príslušné okresné úrady na návrh regionálnych úradov verejného zdravotníctva uzatvárali do karantény. Zámerom bude spomaliť prenos nákazy a zabrániť kolapsu zdravotníctva. Reprofilizáciu lôžok by v tretej fáze rozšírili aj na ďalšie nemocnice na základe príkazu ministra zdravotníctva, ten by ich určil ako subjekty hospodárskej mobilizácie.
Súčasťou pandemického plánu sú aj takzvané semafory pre zariadenia sociálnych služieb, zariadenia primárnej zdravotnej starostlivosti a nemocnice. Podľa semaforov budú reprofilizovať zdravotnícke zariadenia počas ďalšieho nástupu pandémie. "Inštitút zdravotníckych analýz ministerstva zdravotníctva špecifikoval štrnásť indikátorov v troch kategóriách. Na základe toho sa opatrenia v danom kraji presunú zo zelenej do oranžovej farby, až po čiernu," povedal minister zdravotníctva Marek Krajčí. "Tieto údaje budú poskytnuté regionálnym úradom verejného zdravotníctva, ktoré rozhodnú o tom, čo ďalej robiť," dodal Krajčí.
Pandemický plán podľa rezortu zdravotníctva počíta aj so štvrtou fázou, v nej pôjde o postupný návrat do medzipandemického obdobia.
