Tridsaťjedenročný stopér absolvoval v stredajšom prvom zápase 3. predkola Ligy majstrov 2016/2017 kompletnú minutáž a prispel jeho tímu k triumfu 2:1 nad AS Monaco. Hrdinom duelu na štadióne Sükrüa Saracoglua bol dvojgólový nigérijský útočník Emmanuel Emenike. Škrtelov krajan a spoluhráč Miroslav Stoch zasiahol do hry v nadstavenom čase, keď vystriedal Gregoryho van der Wiela.
Škrtel po skončení EURO 2016 prišiel do Fenerbahce z FC Liverpool, v ktorom strávil 8,5 roka. Po zasadnutí Jürgena Kloppa na trénerskú stoličku "The Reds" však stratil miesto v základnej zostave a rozhodol sa pre odchod.
FC Kodaň v ďalšom prvom súboji 3. predkola remizoval s rumunskou Astrou Giurgiu 1:1. Na súpiske dánskeho tímu figuroval slovenský reprezentant Ján Greguš, ale do hry nezasiahol.
