Podľa vyjadrenia gréckeho ministra obrany Panosa Kammenosa však radar ukázal, že AirbusA320 urobil neočakávanú obrátku 90 stupňov vľavo a začal padať. Po prudkom poklese o vyše 7600 metrov urobil obrátku 360 stupňov vpravo, kým sa zrútil do mora. Z radarov sa im stratil vo výške približne 3000 metrov. Haváriu neprežil nikto zo 66 cestujúcich a členov posádky. Šéf egyptskej štátnej spoločnosti poskytujúcej letecké navigačné služby, Ehab Azmy povedal agentúre AP, že lietadlo letelo v normálnej výške 11.280 metrov, kým zmizlo z radaru a žiaden nezvyčajný pohyb neurobilo. "Tento fakt popiera to, čo Gréci hovoria o lietadle: že náhle stratilo výšku, kým zmizlo z radaru," citovala ho BBC.
Azmy dodal, že lietadlo ešte nemalo problémy, keď vstúpilo do egyptského vzdušného priestoru, kde ho sledovali "takmer minútu alebo dve, kým sa stratilo". Grécki leteckí predstavitelia uviedli, že leteckí dispečeri hovorili s pilotom, keď vstúpil s lietadlom do gréckeho vzdušného priestoru a všetko vyzeralo normálne. Potom sa s ním pokúsili znova skontaktovať, keď mal prejsť do egyptského vzdušného priestoru, ale napriek opakovanému volaniu lietadlo nereagovalo.
Egypťan Ahmy vo vyhlásení, ktoré poskytol denníku Al-Ahram tiež poprel správu, že egyptská kontrola letovej prevádzky nadviazala kontakt s pilotom lietadla. Egypt v nedeľu vyslal robotickú ponorku do pátrania po letových záznamníkoch nezvestného lietadla EgyptAiru. Prezident Abdal Fattáh Sísí povedal, že zatiaľ by bolo predčasné prikláňať sa k jednej konkrétnej teórii príčiny havárie letu MS804. Egyptský minister civilného letectva sa vyjadril, že možnosť teroristického útoku je pravdepodobnejšia ako technické zlyhanie, ale podľa Sísího "je všetko možné". Predpokladá sa, že sa letové záznamníky nachádzajú v hĺbke od 2500 do 3000 metrov pod hladinou mora.
