Obľúbený kardinál zomrel v sobotu 24. októbra vo veku 91 rokov. Svätej omši predsedal krakovský arcibiskup kardinál Stanisław Dziwisz, ktorý vo svojom príhovore vyzdvihol veľký význam kardinála Korca pre Slovensko i cirkev. "Lúčime sa s nezlomným pastierom. Bránil dôstojnosť ľudskej osobnosti a právo na život v slobode. Zaplatil za to vysokú cenu. Nech nás dnes zjednotí vrúcna modlitba za dušu zosnulého pastiera. Nepýtajme sa Boha, prečo nám ho vzal, ale ďakujem Bohu za to, že nám ho dal, že ho dal cirkvi na Slovensku i celej cirkvi," povedal krakovský arcibiskup.
Prácu a život kardinála Korca ocenil vo svojej kázni aj nitriansky biskup Viliam Judák, podľa ktorého ľudská, kňazská, pracovitá, strastiplná a heroická životná dráha zosnulého kardinála predstavuje život, ktorý by mohol byť námetom hneď na niekoľko románov.
"Je svedectvom o tom, čím môže byť človek vo svojej slobodnej a zodpovednej voľbe aj v časoch neslobody a neľudského poníženia. Biskupi sú tí, čo ponúkajú svoju ruku a svoj hlas, aby sa posolstvo dostalo k druhým. Otcovi kardinálovi sa to podarilo. Patrí mu naša úcta a hlboká vďaka, ktorú chcem osobne, aj ako môjmu svätiteľovi za celú našu Nitriansku diecézu z hĺbky srdca, aj v tejto chvíli vyjadriť. On bol darom pre nás všetkých. Pre Cirkev, pre národ, pre spoločenstvo ľudí i jednotlivcov. Nášmu otcovi kardinálovi sa dostalo milosti nielen Božie slovo vyznávať, ale zaň aj trpieť. Ľudsky môžeme povedať, že obstál," povedal Judák.
V slávnostnej homílii prečítal nitriansky biskup aj úryvky z testamentu Jána Chryzostoma Korca, v ktorom ďakuje za dar viery a modlí sa za cirkev. "Oddanosť viere som sa usiloval prejavovať životom i v nútenom civilnom živote v prenasledovaní, v továrňach, vo väzení, v postavení biskupa... Modlím sa za seminár sv. Gorazda, za nitrianskych kňazov a veriacich, za celú cirkev na Slovensku, za veriacich iných cirkví, s ktorými nás spája tá istá sviatosť krstu. Modlím sa za všetkých, ktorí veria vo Všemohúceho. A modlím sa i za neveriacich a hľadajúcich... V nádeji na stretnutie s láskavým a milosrdným Pánom a na naše spoločné stretnutie s Ním, prosím o modlitby, aby som dobre dokončil svoj tunajší život v dôverujúcej viere a láske," citoval nitriansky biskup slová kardinála Korca, ktoré zanechal vo svojom testamente.
Na poslednej ceste odprevadili kardinála Jána Chryzostoma Korca okrem verejnosti aj duchovní a vysokí predstavitelia cirkvi. Medzi nimi aj apoštolský nuncius na Slovensku Mario Giordana, kardináli Jozef Tomko, Stanisław Dziwisz a Joachim Meisner, biskupi a zástupcovia biskupských konferencií z okolitých krajín. Na obradoch sa zúčastnil aj prezident SR Andrej Kiska, premiér Robert Fico, predseda Národnej rady SR Peter Pellegrini a ďalší zástupcovia vlády a politického života.
Po pohrebných obradoch bude kardinál Korec pochovaný v Dolnej lodi Katedrály – Baziliky svätého Emeráma na Nitrianskom hrade tak, ako si to želal. V biskupskej krypte sú pochovaní aj niektorí jeho predchodcovia, napríklad arcibiskupi Karol Kmeťko a Eduard Nécsey.
