Právny rozbor zaslaný z Prahy do Bruselu spochybňoval zákonnosť kvót na prerozdeľovanie migrantov. Hovorca komisie ale do Čiech odkázal, že kvóty komisia považuje za legálne. Podľa Bruselu má ale každý členský štát nárok napadnúť utečenecké kvóty na súde.
Český rezort vnútra pripojil k analýze aj otázky týkajúce sa kvót na prerozdelenie žiadateľov o azyl a okolnosti celého mechanizmu. Praha sa okrem iného dožadovala odpovede na otázky, prečo sa nevyužil inštitút dočasnej ochrany, ako technicky riešiť premiestnenie utečencov do štátov, do ktorých nechcú ísť, alebo či sa k povinnej relokácii môžu vyjadriť národné parlamenty.
Ministerstvo vnútra sa s otázkami k migračnej kríze obrátilo na Európsku komisiu začiatkom októbra. Odpovede, ktoré na tieto otázky dostalo od luxemburského predsedníctva EÚ, označil minister vnútra Milan Chovanec (ČSSD) za nedostačujúce.
Štáty únie sa napriek odporu zo strany Česka, Slovenska, Maďarska a Rumunska dohodli na prerozdelení 120.000 utečencov z Talianska a Grécka medzi ostané štáty. EK v tejto súvislosti navrhla tiež trvalý mechanizmus prerozdeľovania.
