V prípade výstavby tunela Branisko navrhol vyšetrovateľ obžalovať šiestich ľudí. Dvoch z nich obhajuje Vladimír Mitro, ktorý v čase výstavby tunela stál v čele SIS. Zo založenia zločineckej skupiny, ktorá mala štát pripraviť o 260 mil. Sk (8,6 mil. €), vyšetrovateľ navrhol prokurátorovi obviniť šesť osôb.
Medzi nimi sa objavili aj traja vysokopostavení úradníci, vtedajšie špičky Slovenskej správy ciest Dušan Matonok, Roman Veselka a Valerián Horváth, nominanti Dzurindovej SDKÚ. Informáciu priniesli Hospodárske noviny. Zaujímavé je, že Horvátha a Godáňa dnes obhajuje bývalý šéf SIS Vladimír Mitro z rokov 1998 až 2003.
Tajná služba pritom vo výročnej správe za rok 2003, ktorú zverejnila v máji 2004, upozornila na možné tunelovanie Braniska. Mitro však nevidí problém v tom, že informácie, ktoré v tomto čase nadobudol, by mohol využiť vo svoj prospech. „Absolútne to nesúvisí, práve naopak. Nesúvisí to vôbec s mojou bývalou funkciou. Žiadna kolízia tam nenastala,“ povedal Novému Času. Tvrdí, že so svojimi klientmi sa pred prevzatím prípadu nepoznal.